“十二五”期間，合肥將開展以生態經濟、生態人居、生態安全和生態文化建設為主要內容的生態城市建設，重點加強水環境治理，在三縣建制鎮全部建成污水處理廠，實現城區生活污水全部處理、污泥安全處置。
今后5年，合肥將以生態城市建設為統領，抓好污染減排和水環境綜合治理兩項重點工作，促進水環境質量的根本性好轉。為此，合肥將全防全控工業污染，嚴格流域內建設項目的環評標準，限期淘汰小造紙、小印染等落后生產能力，支持現有企業實施清潔生產技術改造，進一步降低工業污染排放強度，力爭“增產不增污”或“增產減污”。同時，科學布局污水處理設施，對已有污水處理廠進行提標升級，三縣建制鎮全部建成污水處理廠，實現城區生活污水全部處理、污泥安全處置。
在防控工業污染的基礎上，合肥將進一步治理面源污染，加快發展農業清潔生產，推廣測土配方施肥，開展沿湖農村生活污水、固體廢物集中處置。
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