日本國土交通省和環境省公布的２００９年度全國水生生物調查結果顯示，日本全國５６％的河流水質達到“潔凈”標準，比上一年度低２個百分點。
這項調查以生活在河流中的生物種類為水質的評判標準，并依此將水質界定為“潔凈的水”、“稍臟的水”、“臟水”和“特別臟的水”。
此次對全國河流３０５９處調查點的調查顯示：有１７１６個點的水質符合“潔凈的水”標準，占５６％，低于上一年度２個百分點；符合“稍臟的水”標準的占２８％；符合“臟水”標準的占１１％；符合“特別臟的水”標準的占３％；還有２％“無法判斷”。
從地區來看，河流水質屬“潔凈的水”比例最高的是北海道，達到８８％；東北地區為７０％；北陸地區為６８％。河流水質屬“特別臟的水”比例最高的是關東地區，為１０％。
日本全國水生生物調查始于１９８４年。
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