浙江省水系發達，境內主要有錢塘江、曹娥江、甬江等八大水系及京杭大運河。此外，還有杭嘉湖、姚慈等五大平原河網，基本上都屬于省內跨界水系。隨著經濟快速發展和社會不斷進步，跨界水污染問題日益突出。
據統計，2009年納入浙江省省級考核的142個跨界斷面中，近半數未達到水質功能要求，V類和劣V類水質占31%。從設區市交接斷面考核情況看，紹興市11個交接斷面達標率為27.3%，嘉興市26個交接斷面達標率只有7.7%，主要超標因子為氨氮、總磷、5日生化需氧量等。
近年來，跨界污染糾紛屢有發生，群眾上訪投訴水污染事件不斷增多。2009年以來，浙江省、市人大兩級接訪已逾百件，跨界污染成為影響公眾健康和社會穩定的負面因素。因此，跨界水環境治理問題已成為浙江水環境治理工作的突出任務，需要進一步重視。
引發跨界水污染的主要因素
環境基礎設施尤其是農村環境基礎設施建設滯后。一是環境工程建設涉及發改委、環保、國土、水務、建設等多個部門，需要多個部門審批，程序復雜繁瑣，需要花費大量時間。二是選址困難，許多環境基礎設施因為選址問題導致工程延誤。三是技術落后，許多舊的污水處理設施缺乏脫氮除磷功能。
管理體制機制不健全。目前的水污染防治主要是以屬地管理為中心的分割管理，容易造成各行政區污染責任不清，互相推諉，導致程度不同的跨界水污染。同時，流域水污染防治涉及多個部門，在規劃制定、水質監測、水量調配、污染物總量控制、跨界污染管理監督、水污染糾紛調解處理等問題上，各部門間還未形成良好的銜接協調機制。
重點行業和農村面源污染仍較嚴重。目前，跨界水污染最主要的超標因子是氨氮與總磷，主要是化工、有色金屬、石化、紡織等行業和農村面源污染引發。尤其是農村面源污染，根據有關權威部門測定，其化學需氧量排放占總量的43.7%、總氮排放占總量的57.2%、總磷排放占總量的67.4%，加上這種污染具有分散性、隱蔽性、隨機性、不易監測、難以量化等特征，治理難度極大。
治理跨界水污染的對策建議
加快推進環境基礎設施尤其是農村環境基礎設施建設。一是進一步簡化審批流程，縮短審批時限，提高環保審批效率。垃圾填埋場、污水處理廠等環境基礎設施建設周期至少2年~3年，一旦工程延誤，環境危害巨大，江河沿岸地區的環境問題將更加嚴重。因此，應建立環保審批綠色通道，各審批部門之間要加強協調，盡力縮短項目審批時間。二是采取多項措施破解選址困局。項目選址前，加大公眾參與力度，召開項目聽證會，聽取專家、居民的意見。分別從環境和經濟的角度，對選址進行科學論證。探索生態補償機制，對于受損群眾的利益要按照國家政策進行合理補償。三是在條件允許的情況下，鼓勵采用新型環保設施。目前，農村生活垃圾一般按照“戶集、村收、鄉鎮中轉處理”模式處理。但對于偏遠的鄉鎮，采用此模式處理生活垃圾既缺乏經濟效益又缺乏環境效益，應允許偏遠鄉鎮采用新型、小型的環保設施。四是對原有污水處理設施進行改造，增加脫氮除磷功能。同時，鼓勵新建污水處理廠將去除水中總氮量作為控制污染的指標之一。
強化污染的治理。一是優化流域產業結構和布局。根據流域所處區域的生態敏感性和主體功能區定位，指導各地區產業結構轉型升級，對不符合產業政策、污染嚴重的企業堅決予以關閉。引導流域內的污染工業企業向下游或重點工業園區轉移，實行集中生產、集中治污。二是加強重點行業的監控。目前河流交接斷面主要超標因子是氨氮，氨氮排放的污染結構性問題突出。化工、有色金屬、石化、紡織、農副產品加工等行業氨氮排放量占工業排放總量的85.9%，因此要對這些行業重點加以監控，完善這些行業的排放標準，嚴格部分行業的排放限值。要加大監管力度，督促企業完善污水處理設施，杜絕偷排漏排現象發生。三是開展農村面源污染治理。加強面源監測，推廣防控技術。重點加強面源污染的調查與監測，掌握面源污染現狀、類型等基礎數據，分析其形成機理、遷移轉化的特征及規律，建立農村面源污染預測預警機制。加強新型高效肥料、高效低毒農藥、生物防控技術、畜禽糞污低成本治理技術等技術的研究與開發，大力推廣新型農村面源的防控技術。加強政策引導與調控。政府要綜合采用多種手段，充分發揮稅收、財政獎勵等經濟手段作用。比如，對采用環保新技術、新產品的農民進行財政獎勵，對進行農村廢棄物資源化利用的進行扶持，對使用農業化肥嚴重超標的進行總量控制，限制銷售。
構建水環境協調治理機制。一是建立流域水環境治理聯席會議制度。由浙江省生態辦或省環保廳牽頭，建立流域內各市、縣級及其他利益相關方參與的流域水環境治理聯席會議制度。厘清各部門、流域內各行政區在水污染防治方面的職責，統籌流域水資源保護和水污染防治工作。通過定期召開會議，對流域水環境治理中的問題進行協調。可在浙江省生態辦或環保廳設立聯絡小組，處理跨界糾紛。二是建立信息共享機制。建立流域水環境治理共享信息庫，通過此電子平臺發布各方關于水資源消費、監測監控數據與分析結果、流域保護治理等方面的信息，實現利益相關方信息共享。三是建立流域間政府互訪制度。為加強地方政府間互信，增強彼此間協作，可建立流域間尤其是糾紛易發地區政府間的互訪制度。四是舉辦流域水環境治理論壇。水環境跨界糾紛常引發跨界區域民眾之間的沖突，公眾參與對于糾紛的有效解決至關重要。可定期舉辦流域水環境論壇，構建水環境跨界治理的公共空間，讓公眾了解信息，參與管理，表達訴求。五是完善跨行政區的生態補償機制。完善財政轉移支出結構，探索建立下游對上游水資源、水環境保護的補償機制，同時建立上游對下游超標排污或引發環境事故的責任機制。
進一步完善激勵機制。2009年7月，《浙江省跨行政區域河流交接斷面水質保護管理考核辦法》(試行)出臺，明確了考核指標，將考核結果確定為領導干部綜合考核評價、轉移支付測算等方面的重要依據。考核每年進行一次，考核對象為設區市、設區市本級、縣(市)行政區，考核結果主要體現水質變化情況。《辦法》的出臺對浙江省跨行政區域河流交接斷面的水環境保護工作帶來了積極的影響，但作為一項激勵制度，還存在一定的問題。比如，《辦法》測量的主要指標體現的是水質情況及與上年的指標對比以及出境水質與入境水質的對比，但是不同地區由于客觀環境的不同，改善水質指標付出的代價是不同的。要取得相同的效果，有些地區代價小，更易達成，有些地區代價大，更難達到。要進一步完善激勵制度，考核指標的設計除水質絕對指標外，還應綜合考慮不同區域水文環境基本情況、工農業生產、人口密度等客觀因素，以保證激勵的公平和公正。
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