環境保護部環境規劃院副院長吳舜澤等在《環境保護》撰文稱，為落實《國務院機構改革和職能轉變方案》關于“減少、合并一批財政專項轉移支付項目”的要求，2013年中央財政將“三河三湖”及松花江流域水污染防治專項資金與良好湖泊生態環境保護專項資金整合為江河湖泊生態環境保護專項資金，制定和出臺了《江河湖泊生態環境保護項目資金管理辦法》（財建[2013]788號）（以下簡稱《江河湖泊專項》）。《江河湖泊專項》以保障水環境安全和提高投資績效為導向，按照“水系統籌、集中連片，保護優先、防治并舉，綜合施策、持續發展”的原則，開展江河湖泊生態環境保護工作。
《江河湖泊專項》在實施過程中存在的問題
中央和地方事權劃分不清影響治水成效
在我國體制轉軌過程中，由于資源價格和稅費機制還不完善、不健全，經濟活動中水環境的成本未完全顯性化，體現不到位、不充分，相關主體權責機制尚不十分明確，水環境權屬理念未完全確立，有關事權未能得到科學、合理、明確的劃分。中央財政強調對具有典型的外部性和外溢性特征的關注，推進大江大河的水污染治理和生態保護等工作，未能實際解決公眾身邊的垃圾河和黑臭河，治水的成效大打折扣。
重點流域的優先控制單元尚未形成為專項支持的重點
重點流域水污染防治規劃作為國家水環境治理的重要抓手，是指導地方政府開展流域水污染治理的綱領性文件，體現了國家意志和地方實際治理需求。重點流域建立了“流域—控制區—控制單元”的分區防控體系，并且確定了118個優先控制單元作為國家治理的重點區域。優先控制單元治理成效關系到重點流域水污染防治成敗，理應成為國家專項資金支持的重點，優先保障，取得實效。
完善《江河湖泊專項》實施的建議
強化對水污染防治行動計劃的支撐作用
2014年3月5日，李克強總理在政府工作報告中指出：努力建設生態文明的美好家園。出重拳強化污染防治……實施清潔水行動計劃，加強飲用水源保護，推進重點流域污染治理……整治農業面源污染，建設美麗鄉村。我們要像對貧困宣戰一樣，堅決向污染宣戰。水污染防治行動計劃成為本屆政府對公眾作出的鄭重承諾，成為國家意志，理應成為中央財政資金資助的重點。
《江河湖泊專項》應優先保障水污染防治行動計劃各項任務的實施，體現中央資金的宏觀調控作用，將資金投向公眾關注度高、關系公眾健康的、屬于中央事權或者中央和地方共有事權的流域與區域治理和保護工作，特別是江河湖泊水系連通地區、地表地下水環境問題突出地區、關系跨界、跨流域水環境安全等地區水環境治理和生態保護工作，同時，將公眾身邊的垃圾河、黑臭河等試點示范項目以及重點流域的優先控制單元作為專項支持的一個重點領域。
激活市場活力保障治水投入
發達國家的治水經驗表明，盡管小政府、大市場是現代國家的特點和趨勢之一，但政府的環境保護職能卻一直處于擴張態勢之中，這是滿足公眾高品質環境需求的結果，也是政府理應履行的主要職責。財政是國家治理的基礎和重要支柱，財政制度安排體現了政府與市場、政府與社會、中央和地方的關系。《江河湖泊專項》應強化對中央調控的保障支撐，體現環境管理戰略轉型需要、體現新時期水污染防治工作的重點、體現中央環境保護事權，激發市場活力，保障治水成效。
《江河湖泊專項》資金應起到積極導向和指引作用，促進多元融資，積極推進清潔水保護基金和融資擔保基金的設立，通過政府與社會資本合作，采取合同環境服務，授予開發經營權益等方式，引導社會資本加大水環境保護投入。專項資金應采用低息或無息貸款、融資擔保、貼息補助、價格補貼等方式，用于跨界水環境污染治理、飲用水水源地保護區建設、癌癥高發地區的污染治理、江河源頭區水環境保護以及水生態脆弱區或敏感區的水環境保護和治理等方面，助推環境基礎設施建設提速和環境治理能力提效。
建立績效與資金分配聯動機制
《江河湖泊專項》應建立以激勵約束機制為核心，以績效考核制度為手段，充分調動地方和社會積極性的專項管理制度。國家重點是要建立環境質量和投資效益主導的績效管理體系，改變原有項目驅動環境治理的保護模式。地方政府負責資金落實和具體方案實施，在保障投資效益的同時，應積極開展流域管理措施和治理模式的創新，探索可復制、可推廣的流域保護經驗。
國家和地方建立聯動機制，國家加強對地方工作的績效監管和技術指導，地方政府對區域環境質量改善負總責。在專項實施過程中，鼓勵地方統籌不同預算層級、不同預算類型、不同部門安排和不同預算年度的專項轉移支付資金，按照統一規劃，分口安排，集中投入、各記其功的方式進行整合，推動水污染防治行動計劃的實施。逐步建立基于績效的財政資金使用模式，對生態建設項目、污水治理項目、垃圾處理項目建設等，專項資金可以采取以獎代補、以獎代投、先建后補、先建后投等方式給予支持，最大限度發揮中央環境保護專項資金的引導作用。注重中央財政資金使用的全過程監管，嚴防資金浪費和資金沉淀，將績效評價結果與資金分配進行掛鉤，并實行相應的獎懲。
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