隨著三峽工程175米蓄水，三峽水庫轉入后續管理階段，三峽庫區的環境保護成為全國重點流域環境保護的重中之重。近年來，重慶市積極探索健全完善三峽庫區水環境保護長效機制，三峽庫區環境保護工作取得積極成效，庫區水質經受住了蓄水以來的時間考驗。
一是大力推進環境基礎設施建設。在國家的支持下，重慶市生活污染治理項目建設進度加快。到2009年底，全市已累計建成94個生活污水處理廠（含分散型小城鎮污水處理廠）和48座垃圾處理場，全市城市生活污水集中處理率和生活垃圾處理無害化處理率分別達到79%和89%，其中庫區已分別達到84%和94%，遠高于全國平均水平。
二是不斷加大庫區工業污染防治力度。制定了《工業項目環境準入規定》，防止有重大環境風險項目進入庫區，引導工業企業向工業園區集中，堅持集中控制工業污染、集中防范工業項目環境風險。完成了淹沒工礦企業搬遷調整任務，完成了主城區66戶企業環保搬遷。開展造紙、電鍍、電解錳、碳酸鍶等行業的專項整治，強化了化工行業環境安全檢查。
三是切實加強庫區飲用水源保護。近年來，重慶市每年都將飲用水源保護列為市委、市政府“民心工程”，予以重點推進。清理了飲用水源保護區范圍的所有工業污染源、市政排污口和餐飲娛樂船，完成了全市500人以上集中式飲用水源保護區的劃定工作。禁止在三峽庫區水體水域進行網箱、網欄養殖，開展了三峽庫區水產養殖專項執法行動。
四是認真做好庫底固體廢物清理和漂浮物清撈。圓滿完成三峽庫區二、三、四期庫底固體廢物的清理，清理處置生活垃圾306萬噸，清理處置一般工業固廢260萬噸，清理危險廢物1.9萬噸，清理處置廢放射源18枚。三峽水庫蓄水以來，我市財政累計安排清漂經費1.46億元，配備31艘機械化清漂船和27輛垃圾壓縮式運輸車，清理漂浮垃圾58萬余噸。尤其是三峽工程175米試驗性蓄水期間，全市組織了“萬人清漂大突擊活動”，2個月清理漂浮物10萬余噸，緩解了三峽壩前清漂壓力，確保了庫區蓄水的安全和水域的清潔。
五是努力積極推進次級河流污染綜合整治。完成了主城區桃花溪流域綜合整治工作，水環境質量顯著改善。列入《三峽庫區及其上游水污染防治規劃（修訂本）》（以下簡稱《規劃修訂本》）的8條示范項目，有2條（苧溪河和梁灘河）開工建設，2條（瀨溪河、桃花河）已上報國家發改委審查概算，其余4條正在開展前期工作。
六是扎實開展庫區船舶污染治理。新建造船舶全部安裝了生活污水處理裝置，老船舶分期分批實施治理。在主城、萬州、巫山等主要客運港區設置了固體垃圾接收船舶，庫區30馬力以上的運輸船舶按要求配備了油水分離設備和污油水儲存裝置,約600艘船舶安裝了一體化生化處理裝置。
七是深入開展農村面源污染防治。近年來，三峽庫區累計投入4.76億元，發展農村戶用沼氣53.14萬戶，庫區農村戶用沼氣占庫區總農戶的15.5%，建成畜禽養殖場沼氣工程550處，促進畜禽糞污的資源化利用和無害化處理，形成了能源生態型和能源環保型等多種養殖場污染治理模式。加強生態農業建設，推廣實施測土配方施肥，庫區生態農業試點示范區縣建設擴大到15個。
八是推進實施消落帶生態環境保護。開展了消落帶環境問題研究，啟動了開縣水位調節壩工程、奉節朱衣河胡家壩消落帶環境綜合整治工程、巫山小三峽生態保護項目、巫溪王家河護岸工程等一批消落帶生態環境保護試點示范工程，實施了“三峽庫區消落帶生態恢復與綜合整治技術與示范”和“三峽庫區水土流失與面源污染控制試驗示范”等科技支撐項目，開展了消落區耐淹植物栽培試驗。
三峽工程蓄水以來，庫區水環境質量總體保持穩定，長江、嘉陵江和烏江重慶段水質滿足Ⅱ類斷面比例逐年上升。今年上半年，長江、嘉陵江和烏江重慶段8個國控監測斷面水質、國控飲用水源地和城鎮集中式飲用水源地水質均全部滿足水域功能要求;次級河流水質滿足水域功能要求的斷面比例達到79.6%；長江出境斷面水質到達Ⅱ類水質標準，庫區水質經受住了蓄水以來的時間考驗。
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