根據省廳統一部署，山西省堯都區審計局對2008年、2009年度水資源費的征收、上繳和管理情況進行了全面審計，并與水利部門協調對欠繳水資源費的單位進行延伸審計，著力從以下方面進行了審計：
一是水資源費征收情況。重點審查內控制度是否健全，計量設施是否完備，計征基數是否真實，有無征收標準不到位、少征、漏征、擅自減免、協商收費等問題。
二是水資源費解繳情況。主要檢查是否將征收的水資源費及時入賬，并按規定比例準確劃分各級收入并及時足額上解入庫，有無侵占、截留、貪污、挪用水資源費問題。
三是關注水資源費征收基礎管理情況。重點檢查征費主體和程序是否符合有關規定、采礦排水和城鎮公共供水水資源費政策標準執行是否到位、征費票據使用是否規范、有無未使用或者違反規定使用省財政部門統一印制的水資源費專用票據的問題，從而摸清了全區水資源費征收的總體狀況，揭示和反映了水資源費征收管理中存在的主要問題，促進了水資源費的依法、全面、足額征收。
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